Schwer zu sagen. Ein "normales" Joomla ohne Modifikationen, auf geeigneten Webspace und mit den Grundeinstellungen sollte eigentlich immer funktionieren. Was mich halt stutzig macht ist die Geschichte mit dem sh404SEF - war das überhaupt eine aktuelle Versionsnummer? - und die zeitliche Verzögerung bei den Problemen. Spontan würde ich auf einen Defekt in den Core-Dateien oder Fehlkonfiguration tippen, aber das hat in diesem Umfeld hier mehr mit dem berühmten Blick in die Glaskugel zu tun.
Ich an deiner Stelle würde ein vollständiges Backup der Seite anfertigen, alles deinstallieren was du nicht benötigst, einen frisches Joomla 2.5.4 Paket herunterladen, lokal entpacken, den Ordner "Installation" entfernen und alles andere dann per FTP über die jetzt fehlerhafte Seite kopieren. Das ist immer so die letzte Möglichkeit die bleibt, wenn man es mit besonders unlogischen und hartnäckigen Fehlern zu tun hat.
Wenn du dabei moralische Unterstützung benötigst musst du aber bis morgen früh warten, mein Weg führt gleich vom Forum ins Badezimmer, und dann weiter ins Bett.
Gruß Jan