Hallo Slowrider und jimbo, danke für die Hilfe. Da das zweite base href das Richtige ist, bin ich den umgekehrten Weg gegangen und habe in /libraries/joomla/document/html/renderer die include-Datei head.php editiert. Einfach die Erzeugung des "base href" auskommentiert, und jetzt klappt es alles perfekt.
In der Tat scheint IE7/8 eine einmal erhaltene base href nicht zu ersetzen, wenn innerhalb des head-Bereichs eine neue Zuweisung erfolgt. Interessant zu wissen...